アメリカ最年少のスパイ、カルメンとジュニの姉弟に、同世代のライバル、ゲイリーとガーディが出現。ジュニは彼らの妨害でスパイの資格を剥奪される。2人は汚名返上のため、大統領の機密情報を盗んだ犯人を追って謎の島へ。そこは奇妙な生物たちで溢れていた。「ハリーハウゼンに捧ぐ」との献辞通りに、彼の作品を連想させる生物が大挙出現。フループはじめ前作の登場人物も多数登場。今回はカルメンとジュニの母方の祖父母も登場。